O deus Raiden, prestes a ser assasinado por Shao Kahn, faz um feitiço no seu agora partido amuleto mágico, direccionando-o a contactar o Raiden do passado com a mensagem "he must win" (ele deve ganhar).
Durante os eventos do primeiro torneio por Shang Tsung, a versão do passado do Raiden vê visões of do futuro do agora partido amuleto. Raiden chega á conclusão que o lutador Liu Kang vai ganhar o torneio e salvar Earthrealm de Outworld. Apesar de Liu Kang suceder, o amuleto de Raiden continua a deteriorar-se, um sinal que os eventos do futuro continuam sem mudar. Desapontado com a derrota de Outworld, Shao Kahn ordena a execução de Shang Tsung, mas muda de ideia quando o feiticeiro sugere um segundo torneio em Outworld. Raiden tenta mudar a linha do tempo substituindo Liu Kang por Kung Lao como campeão do segundo tournament. Shao Kahn, no entanto, mata Kung Lao após a sua vitória, com Liu Kang a retaliar, matando o vilão. Apesar disso, o amuleto de Raiden continua a deteriorar-se.
Curado pelo feiticeiro Quan Chi, Shao Kahn alia-se com ele (Quan Chi) e invade Earthrealm. Nightwolf, Raiden e Liu Kang (entre outros) unem-se na tentativa de parar Shao Kahn, mas muitos dos seus aliados são mortos pela agora ressuscitada mulher de Shao Kahn, Sindel, Shao Kahn desintegra Shang Tsung e dá seu poder a Sindel. Na tentativa de matar Sindel, Nightwolf sacrifica-se.
Raiden, confrontando Quan Chi e sabendo da sua aliança com Shao Kahn, chega á conclusão que a mensagem "he must win" refere ao próprio Shao Kahn - Se for permitido a unir Outworld e Earthrealm, será castigado pelos Elder Gods pela violação do código Mortal Kombat. Liu Kang, no entanto, culpa Raiden pela morte dos seus aliados e ataca Shao Kahn. Ao tentar preservar o futuro, Raiden fere acidentalmente Liu Kang, que acaba por morrer vítima dos ferimentos. Com culpa pela morte de Liu Kang, Raiden rende-se a Shao Kahn. Os Elder Gods interveem, usando Raiden para condenar e castigar Shao Kahn pela sua violação do código. Após ter morto Kahn, Raiden promete reconstruir Earthrealm com os sobreviventes Johnny Cage and Sonya.
Antes do final da história, descobre-se que Quan Chi está secretamente aliado com o seu mestre Shinnok, que planeia tomar vantagem do caos e da morte de Shao Kahn para conquistar Outworld e Earthrealm em nome de Netherrealm.
Apenas Cage e Sonya são guerreiros da Terra que sobrevivem, os outros, a maioria é morta por Sindel e Kung Lao é morto por Shao Kahn. Alguns dos guerreiros de Outworld também são mortos no confronto. A linha de óbitos segue assim:
- Kung Lao - Pescoço quebrado por Shao Kahn
- Motaro - Morto por Raiden antes que matasse Cage.
- Sektor - É morto por Nightwolf
- Cyrax - É morto por Nightwolf
- Kano - Congelado por Cyber Sub-Zero.
- Noob Saibot - Lançado no Soulnado de Shao Kahn, sua morte faz o Soulnado se destruir.
- Sub-Zero - Depois de automatizado, tem seu painel destruído por Sindel.
- Kabal - Tem o peito perfurado por Sindel.
- Stryker - Tem a mandíbula destroçada por um soco de Sindel.
- Jax - Tem a garganta perfurada por Sindel (ela usa o salto)
- Smoke - Tem seu pescoço quebrado por Sindel
- Jade - tem seu estomago arrancado por Sindel.
- Kitana - Tem sua alma sugada por Sindel.
- Nightwolf - Sacrifica-se para matar Sindel.
- Sindel - É morta por Nightwolf
- Liu Kang - Morto acidentalmente por Raiden.
- Shao Kahn - Punido pelos Deuses Anciões, é devorado por dragões de luz dourados.
